Die Oberlinstiftung wurde im Juni 2002 vom Oberlinhaus gegründet. Sie wurde mit dem Ziel errichtet, das Oberlinhaus in seinen Aufgaben, Leistungen und innovativen Projekten wirkungsvoll und langfristig zu fördern. Im Sinne des christlichen Leitbildes setzt sich die Stiftung für Menschen ein – vor allem dort, wo keine oder nur unzureichend öffentliche Mittel zur Verfügung stehen, unterstützt die Stiftung die Arbeit der Gesellschaften.